Podczas pierwszej ekspedycji Milo Thatch i jego towarzysze trafili do słynnego podwodnego miasta i ocalili przed zagładą tajemnicze królestwo i wszystkich jego mieszkańców. Nowa przygoda rzuca śmiałków od suchych pustynnych obszarów Południowego Zachodu, aż po lodowe szczyty gór Północy, karząc im zmierzyć się gigantycznymi, morskimi potworami, niezwykłymi duchami i prastarymi legendami. Podczas wyprawy Kida odkrywa potężną moc cudownego kryształu pochodzącego z jej rodzinnego królestwa. Musi zdecydować, czy roztropniej będzie ukryć Serce Atlantydy, czy podzielić się jego światłem z resztą świata.