Neo nauczył się lepiej kontrolować swoje nadzwyczajne umiejętności, a wokół Zionu zamyka się pierścień Armii Maszyn. Jedynie godziny dzielą ostatnią enklawę ludzi na Ziemi przed losem, jaki zgotuje im armia 250000 Strażników, zaprogramowanych na zniszczenie ludzkości. Mimo to mieszkańcy miasta, natchnieni wiarą Morfeusza w Wybranego, który wypełni Przepowiednię Wyroczni i zakończy wojnę z Maszynami, wszystkie swoje nadzieje i oczekiwania pokładają w Neo. On sam szuka rozwiązania, nękają go niepokojące wizje.