W finale trylogii Matrix, Neo podejmuje kolejny krok w poszukiwaniu prawdy. To początek jego podróży do rzeczywistego świata i powstania Matrix. Jednak podróż między światami wyczerpuje jego siły i rzuca na Ziemię Niczyją - między Świat Matrix a Świat Maszyn. Trinity czuwa nad Neo, który znalazł się w stanie śpiączki. W tym samym czasie Morfeusz zmaga się z objawieniem, że Ten, komu zaufał, okazał się po prostu systemem sterowania wynalezionym przez architektów Matrix. Gdy Armia Maszyn próbuje zniszczyć Zion jej obywatele organizują agresywną obronę.